灭菌室主要用于培养基和器皿的灭菌，面积一般在30-50平米。建筑上要求其墙壁耐湿、耐高温、墙壁上最好有排除蒸汽的排风扇。有用于灭菌锅的二相或三相电源、供水、排水设施齐全。配有干燥箱、高压蒸汽灭菌锅、分装台。灭菌室应紧邻冷凝室或者接近接种室，避免灭菌后的培养基长距离搬运。